Σύμφωνα με τις αρχαιολογικές ενδείξεις, η προϊστορική Χαλκίδα βρισκόταν στην ευρύτερη περιοχή της Έξω Παναγίτσας και ως οικισμός καταλάμβανε τη μεγαλύτερη έκταση κατά την 3η χιλιετία.
Το όνομα του οικισμού ήταν ‘Μάνικα’, η οποία σήμερα είναι μία αστικοποιημένη παραθαλάσσια περιοχή, σε απόσταση 3-4 χιλιόμετρα ανατολικά της Χαλκίδας, κατα τρόπον τινά προέκταση της Έξω Παναγίτσας. Το όνομα αυτό προέκυψε από το σχήμα της περιοχής αυτής, καθώς μοιάζει με μία παλάμη. Στα λατινικά η λέξη manus (Μάνικα) σημαίνει χέρι.
Ορισμένοι αρχαιολόγοι θεωρούν ότι πρόκειται για κυκλαδική αποικία, γιατί πολλά από τα ευρήματα της περιοχής είναι κυκλαδικού τύπου. Ο οικισμός ιδρύθηκε περίπου στις αρχές της πρωτοελλαδικής περιόδου ( 3000-1900 π.Χ) .
Την περίοδο της ακμής του, ο πληθυσμός έφτανε τους 7000 κατοίκους, Η μεγάλη ανάπτυξη οφείλεται κατά κύριο λόγο στην ανάπτυξη χαλκού και αργύρου, αλλά και στο θαλάσσιο εμπόριο καθώς οι κάτοικοι ήταν πολλοί ικανοί και η θέση του οικισμού ήταν στρατηγική επιτρέποντας τον έλεγχο του εμπορίου με τα νησιά του Αιγαίου και όχι μόνο.
Περίπου στο 1500 π.Χ άρχισε σταδιακά να μετακινείται προς τη σημερινή περιοχή του Αγίου Στεφάνου και σταδιακά μετεξελίχθηκε στη σημερινη Χαλκίδα.
